教堂的另外一個(gè)重點(diǎn)是彩色玻璃，在教堂內(nèi)的彩色玻璃都非常特別，用玻璃制作圖像臺(tái)凸顯出圣經(jīng)里的人物或是故事，如為基督教徒會(huì)被這里的彩色玻璃所吸引，在教堂內(nèi)部總共有56個(gè)玻璃窗，31個(gè)圓形的玫瑰圖案以及25個(gè)彩色幅彩色玻璃窗的精美圖案，但是在這56個(gè)玻璃窗只有4個(gè)是最完整無瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由當(dāng)?shù)刂鹘痰木用襁M(jìn)行一些整修，而這些彩色玻璃窗都是由法國沙特爾省的LorinFirm所制造。

隨著禁令的毀滅浪潮席卷而來，傳統(tǒng)彩繪玻璃的技藝幾乎失傳，直到下一個(gè)世紀(jì)才被重新發(fā)現(xiàn)。19世紀(jì)初，英格蘭天主教復(fù)蘇，帶動(dòng)了中世紀(jì)教堂哥特式風(fēng)格的復(fù)興，約翰·羅斯金等人擁護(hù)“真正的天主教風(fēng)格”。許多古老的教堂得到恢復(fù)，也促進(jìn)了彩繪玻璃窗制作的復(fù)興。法國許多教堂在大革命期間也遭到了破壞，從1824年開始，法國瓷器制造商開始生產(chǎn)彩繪玻璃以適應(yīng)這個(gè)時(shí)代修復(fù)教堂的需求，有許多中世紀(jì)優(yōu)美的彩繪花窗得到了恢復(fù)。
在之后也是有人統(tǒng)計(jì)，著名的彩繪玻璃一共有著176片，登場(chǎng)的人物也是多達(dá)五千人以上，幾乎全部都是十二三世紀(jì)的作品，在所有的教堂當(dāng)中，沙特爾大教堂中的彩繪玻璃，也是保存的非常的完好了